自从联邦政府进驻后，北卡莱罗纳基地就开始了新的建设。从白宫和各地抢运出来的设备和器材，重新填充了基地内的所有空间。依靠残存风力电站的运转，在战火中幸存的其余基地纷纷开始了扩建与修复。各矿产资源区被军方统一征没。在拥有部分原料的维持下，基地内的军工、民用、食品等车间逐一启动。也就是这个时候，考克森才重新恢复了部分往日的神采。但是，摆在他面前的困难依然重重。重建军队是所有事务的根本。根据各基地指挥官上报的数字，联邦已经拥有六万余名士兵。其中有一半以上是战争中幸存的老兵。至于被当作预备力量的国民警卫队，其数量也扩充到了二十二万之多。
几个世纪以来，美洲联邦一直是地球国家中的军火输出大国。利用库存的武器装备这些军队，根本不成任何问题。但是在组建装甲部队的时候，考克森也遇到了和亚洲人同样的问题……没有足够的驾驶兵，坦克再多也只是一堆废物。半年的整备期过去了。除了十二名飞行员和六十二名驾驶兵，美洲联邦军队序列中，数量最多的就是步兵。虽然相关人员已经在接受培训，但是形成战斗力，仍旧还需要相当的时间。用这样的军队和第二世界的怪物对抗，考克森根本不抱任何希望。他很清楚的记得：号称联邦军精华的第三装甲海军陆战师，在新奥尔良守卫战中，仅仅不到半小时，就完全被铺天盖地的怪物大军所淹没。该师在此战中的幸存人员仅有三名，而且完全残废。联邦目前唯一能做的，就是扼守各个基地。依靠生物技术和大量生产的机器人组编新军。在积蓄足够的力量后，再次发起反击。
为了达到这个目的，考克森决定不惜一切代价。由于大量电站被怪物摧毁，能量的供应一直无法满足所有基地的需要。在优先供应军工、实验等方面的前提下，食物的产量只能被迫减少。同样，军队获得充足保障的同时，平民的需求也被降至最低。当这种不满情绪充斥于幸存平民中间的时候，考克森却作出了常人难以理解的选择。利用食物为基础，迫使平民参与建设。而多余的人口，则被秘密转送到实验部门。这样做，既节省了食品，也获得了大量的实验对象。在使用核弹攻击防护罩内怪物无法奏效的前提下，生化武器自然会成为新的选择。合**类、超级士兵、战场王者一类的实验，其实各国军方都在秘密进行。只是慑于国际舆论压力，不得不在暗中研究。第二世界的入侵是一个足够的理由。
在生命遭到严重威胁的时候，人们自然不会计较这类实验所带来的后果。兽化士兵，是美洲联邦早在战前就已经开发成功的秘密武器。这种利用人兽基因杂交的生物，拥有强悍无比的身体与强大的攻击力。两个月后，首批一千名兽化士兵被秘密派遣进入城市。遭遇第二世界的怪物后，兽化士兵的的攻击本能得到了完美体现。在没有任何伤亡的情况下，这批生化军队顺利突破城市外围。但是，在闻讯而来的高级生物面前，兽化士兵根本无力对抗。根据潜伏机器人的报告显示，在几只四级生物的攻击下，所有兽化兵无一幸存。也就是从那个时候起，考克森萌发了利用高级生物，代替兽类进行基因组合的念头。总统的
建议，得到了参与研究生物学家的支持。但是问题也随即摆在了所有人的面前：究竟应该怎样才能获得高级生物的基因？
孕育之花的出现，使所有高级异类都集中到了一起。尽管不明白这种花究竟有什么作用，考克森却显然感觉到其中蕴藏的危险。他不想自己宝贵的军队白白送死，也不想去招惹那些可怕的生物。但是他需要基因。迫切的需要。
“自己想要却拿不到的东西，只要付给合适的报酬，就能请别人代劳。”这是父亲老考克森教给他的一句格言。但是小考克森却不想给予任何人报酬。基于生化研究已经是公开的秘密，考克森并不介意在联大会议上，向其它国家首脑公开自己的想法。他只希望，能够从这些盟友那里得到相应的帮助。哪怕只有一点点，那也足够了。生化技术的公开，获得了成员国的一致赞同。但是在获取基因方面，却没有任何人敢于认可。高级生物的能力有目共睹。谁也不会傻到白白为他人做嫁衣的地步。就在这个时候，美洲联邦硕果仅存的唯一一颗卫星，却发回了一份令考克森无比震惊的情报。
大战时期，占有全面太空优势的亚洲联邦，击落了美洲百分九十以上的武装空间站和侦察卫星。第二世界的入侵，使得这种争斗暂时中止。为了报复十六国集团的导弹攻击，亚洲联邦一怒之下，击毁了除本国以外的所有空间飞行器。无论军用或民用，一律无差别攻击。一夜之间，十六国彻底丧失了自己的所有卫星。当然，美洲联邦也无法幸免。出于安全的角度考虑，联邦太空总署在战前曾经执行过一份秘密计划。其中的内容，就是对今后所有发射的侦察卫星进行外部伪装。由于经费等方面的问题，这项计划仅仅执行了一次，便被迫中止。也正因为如此
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