步迦可汗逃至大斤山(即今内蒙大青山)时，与史万岁一路隋军相遇，结果大败，慌忙引军回撤。不久，步迦可汗又派他的侄子俟利伐从沙漠东面攻打启民可汗，隋文帝再次发兵协助启民可汗防守军事要道，俟利伐只得退入沙漠。启民可汗大为感动，表示愿千世万代永为隋臣。
仁寿元年(601年)，长孙晟上奏说：“臣夜登城楼，望见碛北有赤气，长百余里，皆如雨足，下垂被地。谨验兵书，此名洒血，其下之国必且破亡。欲灭匈奴，宜在今日”(《隋书-长孙晟列传》)。隋文帝诏令杨素为行军元帅，长孙晟为受降使者，援助启民可汗北击步迦可汗。
仁寿二年(602年)三月，军至黄河，正值突厥思力俟斤(官名)等率部渡过黄河，袭扰已经归降隋王朝的突厥启民可汗，掠走男女6000人、牲畜20余万头。长孙晟与上大将军梁默奉杨素之命率轻骑追击，转战60余里，大败突厥。长孙晟又教启民可汗分遣使者，往北方铁勒等部招抚归附。
仁寿三年(603年)，有铁勒、思结、伏和具、浑、斛萨、阿拔、仆骨等十余部背离步迦可汗，降于启民可汗。步迦可汗部溃不成军，西奔吐谷浑。长孙晟送启民可汗安置于碛口(今呼和浩特北)，启民可汗于是尽得步迦可汗之众。随后多年，启民可汗与隋一直保持亲善。
事毕，长孙晟回朝，时为仁寿四年(604年)，适遇隋文帝崩，炀帝匿丧未发。由于隋炀帝和长孙晟有过旧交，加上要拉拢长孙晟，遂以长孙晟为内衙宿卫，知门禁事，即日拜左领军将军。
不久，汉王杨谅在晋阳(今太原市西南)起兵反对其兄杨广称帝。杨谅系隋文帝的五子，曾任并州总管，统领西起太行山，东至渤海，北达燕门关，南距黄河的52个州，长年据守在当时天下出精兵之地。杨谅对杨广夺取杨勇的太子地位心怀不满。及蜀王杨秀得罪，尤不自安，恐殃及己身，暗中准备起兵。及隋文帝死后后，杨谅更感到安全难保，遂起兵反炀帝。
由于綦良、余公理等各路隋军出师不利，节节败退。隋炀帝采纳了杨素的推荐，以前江州刺史李子雄为上大将军，并以长孙晟为相州刺史，征集山东兵，与李子雄共同配合镇压谅军。由于长孙晟的儿子在杨谅部下，所以长孙晟推辞说：“有男行布，今在逆地，忽蒙此任，情所不安。”隋炀帝说：“公著勤诚，朕之所悉。今相州之地，本是齐都，人俗浇浮，易可骚扰。傥生变动，贼势即张，思所以镇之，非公莫可。公体国之深，终不可以儿害义，故用相委，公其勿辞”(《隋书-长孙晟列传》)。长孙晟奉命出兵，破杨谅，回军后转为武卫将军。
大业三年(607年)，炀帝欲北巡至榆林，欲出塞外，陈兵耀武。因怕启民可汗惊惧，便先派长孙晟到启民可汗部喻旨。启民可汗闻后，便召所部奚、室韦等数十个部落的酋长齐集迎帝。长孙晟见此处杂草丛生，欲令启民可汗亲自除之，并让各部酋长看到，使之明白天子之威重。于是长孙晟手指帐前之草说：“此根大香。”启民可汗闻后说：“殊不香也。”长孙晟又说：“天子行幸所在，诸侯躬亲洒扫，耘除御路，以表至敬之心。今牙中芜秽，谓是留香草耳!”启民可汗这才悟其本意，说：“奴罪过。奴之骨肉，皆天子赐也，得效筋力，岂敢有辞？特以边人不知法耳，赖将军恩泽而教导之。将军之惠，奴之幸也”(《隋书-长孙晟列传》)。遂拔佩刀，亲自除草。其余各部族长见后，争相效之。启民可汗又发命举国就役开御道，西起榆林，东达于蓟，长3000里，宽百步。隋炀帝听到此事，对长孙晟的办法非常赞赏。后长孙晟除淮阳太守，未赴任，复为右骁卫将军。
大业五年(609年)，长孙晟去世，时年五十八。隋炀帝深表悼惜，赐赠甚厚。少子长孙无忌嗣。同年，诚心归顺隋朝的启民可汗也去世。大业十一年(615年)八月，隋炀帝出塞北巡，于雁门为突厥始毕可汗(启民可汗可汗之子，名为咄吉)所围，隋炀帝慨叹道：“向使长孙晟在，不令匈奴至此”(《隋书-长孙晟列传》)！
长孙晟长子长孙行布，也多谋略，有父风。后汉王杨谅起兵，长孙行布奉命守城，遂于豆卢毓等闭门拒杨谅入城，城破遇害。次子长孙恒安，以兄功授鹰扬郎将。少子长孙无忌为唐朝贞观名臣。其女嫁于李世民，李世民登基后，立其为皇后，她就是历史上著名的长孙皇后，为中国妇女的杰出代表。因此在唐贞观中期，长孙晟被追赠为司空、上柱国、齐国公，谥曰献。
点评：长孙晟“好奇计，务功名。性至孝，居忧毁瘠，为朝士所称。”“晟体资英武，兼包奇略，因机制变，怀彼戎夷。倾巢尽落，屈膝稽颡，塞垣绝鸣镝之旅，渭桥有单于之拜。惠流边朔，功光王府，保兹爵禄，不亦宜乎”(《隋书-长孙晟列传》)！
长孙晟在其一生中，同突厥交往达20余年，虽未指挥过大的作战，但凭其出众的谋略，为分化瓦解突厥，保持隋北境安宁，作出了重大贡献。可以说一个强大的突厥帝国，从根本上就是毁于长孙晟之手，此功非常人所能及也！
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